１ 一般的な税務調査の流れ
税務調査の流れを事前に把握しておくことで、冷静に対応することができます。
（１）事前通知
はじめに税務署からアポ取りの電話連絡があり、日程調整後、正式な通知がされます。通知内容は、調査対象期間、調査日時、調査担当者等です。
（２）実地調査（事務所訪問）
税務署の調査担当者が会社や事務所を訪問し、帳簿や領収書等の確認をしながら社長や事業主に対して質問調査をします。税理士が立ち会い、調査官との間に入ることで、誤解を招くようなやり取りを防ぐことができます。
（３）調査結果の中間説明
調査が一段落すると税務署から調査状況について口頭または文書で説明されます。指摘された事項に対して納税者は反論できますが、税理士が入ることで、より適切な対応ができます。
（４）税務署との最終調整
税務署の指摘に対して納税者が反論し、主張が認められた場合は、税務署が指摘した調査税額が軽減されることもあります。専門知識を持った税理士が代理人として税務署と交渉を行えば、スムーズ、かつ、納税者に不利とならない結果に導けます。
（５）修正申告書の作成
最終調整後の税務署指摘事項に基づき、申告書の訂正が必要な場合は修正申告を行います。税理士と契約している場合は、税理士が修正申告書を作成し、提出します。
（６）追徴課税・加算税の納付
修正申告により発生した追徴税額の納付手続きをします。税理士は、延滞税や加算税を含めて納付計画を策定するなどのアドバイスができます。
２ 税理士が行う具体的な業務
上述のように、税務調査は、事前準備から調査日、調査後の対応まで一連の流れで進みます。税理士は各フェーズでサポートし、納税者の不安と負担を減らします。税理士が行う具体的なサポート業務を説明します。
（１）調査前の準備
まずは、税務署からの連絡を的確に判断します。税務署からの連絡が調査以外の受任義務のない「協力依頼」であれば、適切に対応します。
税務調査の連絡であれば、その連絡が法令に則った通知かどうかを的確に判断します。
税務調査の通知を正式に受けた後は、調査対策の準備が始まり、税理士は以下のような業務を行います。
①帳簿、証ひょう類の確認
調査対象期間の検査物件（帳簿書類）をチェックし、不備な点を抽出します。
②申告内容のリスク診断
調査対象期間の申告内容を分析し、税務署が指摘しそうな科目や取引を抽出します。
③模擬調査の実施、想定問答の作成
税務署調査官の質問を想定し、納税者側の模範回答案を作成します。
（２）調査日の立会いと税務署折衝
会社や事業所に税務署の調査官が訪問する日は、税理士が納税者に代わって調査官との交渉を行います。
①質問調査への対応
税法に基づいた回答を行い、不毛なやり取りを省き、調査の長期化を防ぎます。
②調査官指摘事項に対する反論
不明瞭な事項については解明の上説明し、根拠の無い（薄い）指摘事項については根拠を示した上で反論します。
③調査の日程等調整
税務署側が求める書類の絞り込みや提出期限の調整を行い、調査の早期終了を促します。
税理士が緩衝材となることにより、納税者の心理的負担を軽減します。
（３）税務署指摘事項の最終調整及び修正申告書作成
調査にある程度目処が立つと、税務署から指摘事項が伝えられます。税理士はこれを受けて、以下の対応を行います。
①税務署指摘事項の整理
税務署指摘事項の妥当性を検証し、修正申告を受け入れるか反論するかを判断します。
②修正申告書の作成
調査結果に基づいた修正申告書を作成し、提出します。
③追徴税額、附帯税の納付
一括納付が困難な場合などは、特例措置の活用や納付計画の策定など、納税者の納付に関するアドバイスを行います。